По време на менопаузата сърдечно-съдовите заболявания (ССЗ) се считат за най — мащабна и основна изява на постменопаузалния естрогенен дефицит. Смята се, че половите хормони осигуряват антиатерогенна защита – потиска агрегацията на тромбоцитите и пролиферацията на гладкомускулни клетки в кръвоносните съдове. След отпадането на естрогенното влияние честотата на ССЗ при жените се изравнява с тази при мъжете. Най — важните промени в липидния профил след менопаузата са свързани с покачване на общата холестеролемия, на LDL — холестерола и на триглицеридите, докато нивото на HDL спада. Нормално естрогените подтискат чернодробната липазна активност и по този начин се поддържа по — високо ниво на HDL при жените в репродуктивна възраст. Такъв мастен профил е свързан с повишен кардиоваскуларен риск, но той не е толкова обусловен толкова от възрастовите изменения, колкото от естрогенния дефицит.
Рискът от атеросклеротични изменения, от коронарни заболявания и миокарден инфаркт при приемащи фитоестрогени (вещества от растителен произход, представляващи аналог и структурно и функционално наподобяващи на естрогените) жени може да намалее с 20 %. Те подобряват кръвното налягане и повишават артериалния еластицитет. Съществува обратно прпорционална връзка межу приема на фитоестрогени и риска от миокарден инфаркт. При жени с висок сърдечно — съдов риск, по големият прием на изофлавони (най — мощните фитоестрогени) е свързан с по — добра съдова ендотелна функция и по — ниска честотата на формиране атеросклеротични каротидни плаки. Проучвания доказват, че Генистеин (най — ефективният фитоестроген) има терапевтичен ефект за предпазване от коронарна артериална болест. Доказано е, че защитата и профилактиката на сърдечно съдовата система може да се осъществи и чрез прием на триомега мастни киселини. Те предотвратяват атеросклерозата, намаляват кръвното налягане и тенденцията към сърдечна аритмия.
Друг орган, засегнат от липсата на естрогени през климактериума е кожата. Естрогенът повишава действието на кожните фибробласти (клетките, които произвеждат колаген). С намаляването на естрогените намалява и количеството на колагена и еластина. Ето защо при пониженото отделяне на естроген кожата става по-тънка, суха, по-малко еластична и по-уязвима към нараняване. Появата на бръчки прз менопаузата също се дължи на намаленото с възрастта съдържание на колаген. През всяка постменопаузална година кожната дебелина намалява с около 1%, а колагенното й съдържание — с 2%. От своя страна приемът на фитоестрогени предотвратява атрофията на кожата.